L'histoire de "Capitaine Tonnerre et le Saint Graal" se déroule pendant la Troisième Croisade en Palestine, lorsque le Capitaine Tonnerre trouve dans les donjons d'une forteresse un chrétien mourant nommé Juan de Ribera, qui lui confie la mission de ramener en Espagne une coupe qui est le Saint Graal, volée à un ancien ordre. Tonnerre, avec ses amis inséparables Crispin et Goliath, ainsi qu'une princesse viking nommée Sigfrid, devront affronter un seigneur féodal maléfique et ses "diables" noirs, qui terrorisent la population du bas Aragon.



